Rosetta程序包的编译安装

第一部分：Rosetta程序包简介

Rosetta是一款用于蛋白结构建模和分析研究的程序包，最初由华盛顿大学David Baker实验室所开发，其开发初衷是用于结构预测，随着程序的不断开发和完善，目前其已经包含了一系列常规生物大分子计算模拟问题的解决方案。

Rosetta程序极大的推动了计算生物学的科学发展，其应用范围包括蛋白全新设计、酶设计、配体对接以及生物大分子或生物大分子复合物的结构预测。值得注意的是，Rosetta程序包对非商业用户免费提供使用。

附Rosetta官方简介：
The Rosetta software suite includes algorithms for computational modeling and analysis of protein structures. It has enabled notable scientific advances in computational biology, including de novo protein design, enzyme design, ligand docking, and structure prediction of biological macromolecules and macromolecular complexes.

Rosetta is available to all non-commercial users for free and to commercial users for a fee. License Rosetta to get started.

Rosetta development began in the laboratory of Dr. David Baker at the University of Washington as a structure prediction tool but since then has been adapted to solve common computational macromolecular problems.

第二部分：Rosetta程序包的编译安装

Rosetta程序包可从其官方网站注册后下载，下载链接为https://www.rosettacommons.org/software/license-and-download。程序下载提供两种选择(如图1)，包括源代码(Rosetta 2016.15 source)下载和源代码+二进制文件(Rosetta2016.15 source +binaries for Linux/Mac)下载。

图 1. Rosetta程序下载页面。

下载Rosetta源码包rosetta_src_2016.15.58628_bundle.gz，编译环境为CentOS release 6.6 系统+ Parallel_Studio_XE_2015_Update5编译器。详细安装步骤如下(Linux命令用蓝色字体标识)：

第一步：解压Rosetta源码压缩包并将其放置到安装目录

tar -xvf rosetta_src_2016.15.58628_bundle.gz

mv rosetta_src_2016.15.58628 /opt

解压后生成rosetta_src_2016.15.58628目录，里面含demos，documentation，main和tools目录。

第二步：串行版本编译

cd /opt/ rosetta_src_2016.15.58628/main/source/tools/build

cp user.settings.template user.settings

vim user.settings

修改user.settings配置文件 (注意箭头标注行)

图 2. 串行编译user.settings配置文件。

cd /opt/ rosetta_src_2016.15.58628/main/source/

./scons.py bin mode=release cxx=icc -j8

-j8是指定编译时调用的CPU核数，这里是调用8个CPU核心。完成编译后相应可执行程序位于bin目录下，如minimize.linuxiccrelease。

第三步：并行版本编译

vim /tools/build user.settings

修改user.settings配置文件 (注意箭头标注行)

图 3. 并行编译user.settings配置文件。

./scons.py bin mode=release extras=mpi cxx=icc -j8

-j8是指定编译时调用的CPU核数，这里是调用8个CPU核心。完成编译后相应可执行程序位于bin目录下，如minimize.mpi.linuxiccrelease。至此Rosetta程序包的编译工作全部完成。

为了方便调用Rosetta程序，可编写一个bash环境变量设置脚本rosetta-env.sh并将其放在Rosetta安装根目录下，具体内容如下：

ROSETTA_HOME=/opt/ rosetta_src_2016.15.58628

export PATH=${ROSETTA_HOME}/main/source/bin:${PATH}

需要使用Rosetta相关程序时只需要先执行以下命令即可直接调用：

source /opt/ rosetta_src_2016.15.58628/rosetta-env.sh